Fakultas Seni Rupa dan Desain sebagai salah satu fakultas di lingkungan Institut Seni Indonesia Yogyakarta telah menempuh perjalanan panjang sebagai lembaga pendidikan tinggi seni, khususnya seni rupa di Indonesia. Awal keberadaannya dimulai dari tanggal 15 Januari 1950 dengan nama Akademi Seni Rupa Indonesia (ASRI) di Yogyakarta yang kemudian berkembang menjadi Sekolah Tinggi Seni Rupa Indonesia (STSRI) Yogyakarta, tahun 1968, dan terakhir menjadi Fakultas Seni Rupa ISI Yogyakarta pada tanggal 23 Juli 1984. Keputusan Presiden Nomor 39 Tahun 1984 tentang Pendirian Institut Seni Indonesia Yogyakarta tanggal 30 Mei 1984 dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Dr. Nugroho Notosusanto pada tanggal 23 Juli 1984. 

Prodi Konservasi Seni di ISI Yogyakarta memiliki sejarah yang dimulai dengan keterlibatan Institut Seni Indonesia Yogyakarta dalam jaringan kerjasama internasional, yaitu ASEA UNINET pada tahun 2017, yang melibatkan universitas-universitas di Asia Tenggara dan Eropa. Kerja sama ini membuka peluang untuk mendirikan program studi konservasi seni di Indonesia yang pada saat itu belum ada. Inisiatif ini didorong oleh Ibu Kartika Affandi, yang terinspirasi dari kebutuhan untuk merawat warisan seni ayahnya, pelukis Affandi. Kolaborasi antara ISI Yogyakarta dan Universitas Pendidikan Berkelanjutan Krems (University for Continuing Education Krems (UWK)) di Austria, terutama dengan konservator Dr. Patricia Engel, memainkan peran penting dalam pengembangan program studi ini. Lokakarya konservasi seni dan restorasi yang diadakan pada tahun 2018, bersama dengan penelitian dan pelatihan di bidang konservasi seni, semakin menguatkan fondasi program studi ini. Pada tahun 2019, ISI Yogyakarta membentuk tim untuk merancang Kurikulum Prodi Konservasi Seni yang pertama di Indonesia, yang bertujuan untuk memenuhi kebutuhan pelestarian seni dan artefak budaya di daerah tropis. Program ini juga berfokus pada kolaborasi internasional dan pengembangan kurikulum, serta penguatan kemitraan dengan lembaga-lembaga lokal dan global dalam bidang konservasi seni. Pada tahun 2022 terbentuk Prodi Konservasi Seni berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 663/E/0/2022 tentang Izin Pembukaan Program Studi S-1 Konservasi Seni pada Institut Seni Indonesia Yogyakarta di Yogyakarta.